Il condizionamento muscolare avviene nel momento in cui si svolgono esercizi distrettuali in varie posizioni. L'obiettivo di questi esercizi è quello di stimolare le capacità contrattili del muscolo in funzione di forza, resistenza e capacità (le capacità condizionali appunto).
Il condizionamento muscolare può essere il tema trainante della lezione. Affinchè il condizionamento muscolare sia efficace e costituisca stimolo allenante per i muscoli è necessario applicare alcuni principi base nel corso delle varie lezioni: specificità o isolamento muscolare, equilibrio muscolare, principio del sovraccarico progressivo, reversibilità.
Per specificità del movimento s'intende la ricerca di quegli atteggiamenti che i vari segmenti corporei possono assumere tra di loro, in modo tale da isolare il raggio di applicazione del carico su un gruppo muscolare specifico, anche se in acqua non si può parlare di isolamento muscolare per eccellenza. Durante la contrazione si cercherà di reclutare e sollecitare un maggiore numero di fibre muscolari.
Il principio dell'equilibrio muscolare si basa sull'attività equilibrata dei muscoli agonisti ed antagonisti: è necessario esercitare sia l'uno sia l'altro (bicipite-tricipite). Una varietà di esercizi che rafforzi entrambi i gruppi muscolari diminuisce la possibilità di sbilanciamento muscolare (muscolo più forte compensa il più debole) e migliora la stabilità delle articolazioni con la riduzione della possibilità di provocare lesioni. È importante che le coppie di muscoli che corrispondono alla stessa articolazione siano equilibrate in relazione sia alla forza che alla flessibilità e considerato che il corpo umano ricerca simmetria ed equilibrio. In acqua, nelle fasi di condizionamento muscolare specifico, occorre quindi stimolare sopratutto quei gruppi muscolari che sono ipotonici e usati poco nella gestualità quotidiana al fine di ricreare la situazione di equilibrio muscolare.
Secondo il principio del sovraccarico progressivo occorre aggiungere una resistenza (uno stimolo) che crei un aumento graduale e sistematico del livello di stress che va oltre quello ormai abituale a carico muscolare, per instaurare un nuovo processo di adattamento con aumento della forza e della funzionalità.
Il principio della reversibilità asserisce che il corpo e di conseguenza i muscoli, ritornano gradualmente al livello di fitness precedente all'inizio degli stimoli ricevuti se non vengono protratti nel tempo ma solo eseguiti una tantum. Il fitness non può essere immagazzinato pertanto occorre organizzare i protocolli di attività all'interno del corso affinchè vi sia una sollecitazione periodica continua e costante dei vari gruppi muscolari.